Chinh Đồ Origin 2 bắt đầu từ một lời hứa của Hoàng Đế với Ngụy Thân Vương: "Khi Hoàng Đế băng hà, người kế vị chính là Ngụy Vương!". Với lời hứa này, Ngụy Vương bắt đầu thao túng triều chính và tiêu diệt những phe phái đối lập, tạo dựng quyền lực cho bản thân, ôm khát vọng có thể trở thành chân mệnh thiên tử. Khi ông tưởng chừng đã nắm chắc ngai vàng, bất ngờ vào mùa thu năm ấy, Hoàng Đế gặp gỡ Huệ Hoàng Quý Phi và sinh hạ một Hoàng Tử.

Sự ra đời của Hoàng Tử đã làm đảo lộn kế hoạch của Ngụy Vương. Không cam chịu thất bại, Ngụy Vương quyết định thực hiện một cuộc chính biến trong cung, ông ra lệnh tàn sát tất cả triều hoàng hiện tại, Hoàng Đế và Huệ Phi chịu chung số phận nước mất nhà tan! May mắn thay, tiểu Hoàng Tử được một cung nữ cứu thoát, chạy trốn trong biển lửa đến một vùng quê hẻo lánh mà lớn lên.

Ngày Tân đế lên ngôi, tàng long từ vực sâu bay lên chín tầng trời, hắn thực hiện cải cách tàn bạo, khiến dân chúng lầm than kêu trời. Cùng lúc, Tiểu Hoàng Tử ngày nào đã lớn lên, người nên đi đâu? Sẽ chấp nhận đầu hàng hay sẽ vùng lên, đối mặt với cả triều đình, dành lại bình yên cho con dân? Toàn bộ cuộc hành trình này sẽ tùy thuộc vào bạn - những đại hiệp sẽ xuyên không vào Chinh Đồ Origin 2!